O Centro Acadêmico Nautilus (CAN) foi fundado em 06 de março de 2013, após uma Assembléia Geral realizada pelos estudantes da primeira turma do curso Interdisciplinar em Ciência e Tecnologia do Mar, do Instituto do Mar da Unifesp, onde foi empossada a primeira gestão do CAN, que teve como mandato 1 (um) ano seguindo o Estatuto que rege o centro acadêmico. Após o mandato da primeira gestão o CAN permaneceu 10 (dez) meses sem a presença de uma gestão, pois não foi realizada uma eleição após o término do mantado a primeira gestão.
No dia 14 de Setembro de 2014, foi realizada a Segunda Assembléia Geral dos estudantes, que contou com a participação das turmas 01,02 e 03 do BICT-Mar, e teve como intuito alterar partes do Estatuto e promover uma nova eleição através a escolha de uma Comissão Eleitoral.
Nos dias 24 e 25 de novembro de 2014 foi realizada a primeira eleição direta para o centro acadêmico, com a participação de duas chapas concorrendo ao mandato. E no dia 26 a chapa vencedora tomou posse do mandato e estará em vigor durante 1 (um) ano, até a realização da próxima eleição.